如何非root用户在Linux系统上安装并分析Lefse软件？
- 内容介绍
- 文章标签
- 相关推荐
本文共计1395个文字，预计阅读时间需要6分钟。
Lefse软件是宏组学研究常用的软件，通常大家用在线版本即可。但若要在Linux集群环境中搭建，过程会有些繁琐，以下是一些安装步骤记录。
安装：
1.确保系统中已安装Python2。
2.下载Lefse软件源码。
3.解压源码包。
4.进入源码目录，运行安装脚本。
5.根据提示完成安装。
说明
Lefse软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在Linux集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。
安装
这个软件是python2写的，因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具，在此基础上来安装lefse。
lefse下载地址：bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。这个网站有丰富的学习内容和教程，包括MetaPhIAn等流程，有时间去好好看看。
lefse放在了bitbucket上，克隆一下到集群：
hg clone bitbucket.org/nsegata/lefse
完成后有如下文件：
目录下有个requirement.txt文件，里面列出了R和Python需要安装的包和模块：
- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse
安装R包的过程基本上没啥问题，大部分还是我已经安装过的。python的大部分模块也没问题，难就难在了rpy2。
首先，我直接用自己安装的python2使用pip安装：
pip intall rpy2
直接报语法错误，如下：
在网上找了一圈也没有碰到同类型的问题，在这里卡了很久，分析脚本貌似也没问题，而且如果这个都语法错误，作者去吃屎吧。后来我才知道这尼玛pip自动安装第三版了，而第三版只支持python3，不再支持python2。
那就直接下载模块安装吧。自然地下了个较新的版本，解压后安装：
python setup.py install
直接报错，说是版本太高了，rpy的第三版已经不支持python2啦，blabla。。。我看它这里rpy2版本也有较高要求，于是下载了个2.9版本的(各旧版本 )，结果还是太高，你特么不是python2写的吗！不支持python2。试了几次，干脆了个2016年发行的，这次终于可以了。
但是肯定没有这么简单，安装过程又报错了：
下载不了这个玩意：Download error on pypi.python.org/simple/singledispatch/。网上有些答案乱七八糟，后来找到了一个能解决问题的，直接下载singledispatch
安装即可。
下载解压进入目录。
python setup.py install
成功安装singledispatch后，再次安装rpy2，这次没报错了。进入lefse目录试运行一下：
应该是可以了。
再进去example中运行下测试shell，但是这个demo是针对bioconda使用的，如果没用conda，测试不了。对于这个软件我真是服气的。
总之，lefse软件算是安装成功了吧，至于测试，后续我再试试。
第二次更新：
接着来测试上次安装好的Lefse软件，这个软件有现成的python脚本进行数据处理和绘图，怎么用的话，在下载后example中和官方文档中都有说明，这里不作说明了。简言之，就是先处理，整理好数据格式，进行绘图。
试着用自己的数据处理了下。
python format_input.py test.txt result.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
python run_lefse.py result.in result.res
python plot_res.py result.res result.png
.......
文件结果没有问题，绘图及其后续步骤报错了：
我怀疑是自己处理的数据格式有问题，于是下载了官网的测试数据：
wget huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129 -O hmp_aerobiosis_small.txt
还是同样的问题，数据处理正常，绘图错误。网上查了下，没有直接相关的问题，但大致猜到是matplotlib的问题。
我的系统除了我装的python外，还有其他好几个python版本的库，我当时只将其他版本的python都注释了，然后将自己安装的python及其库路径加入了环境变量，但没有注释掉其他python版本的库。所以，我自己的python其实是没有安装matplotlib的，用的是其他版本的。
将其他版本python的库注释后，用自己的python重新安装matplotlib（一定要注释掉其他的库，否则会提示已安装，是装不上matplotlib的）。
这时，再运行lefse时，没报错，所有结果都出来了！
看来当系统有多个版本时，用conda确实是有优势的，避免版本冲突。
作者：Bioinfarmer。若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。
本文共计1395个文字，预计阅读时间需要6分钟。
Lefse软件是宏组学研究常用的软件，通常大家用在线版本即可。但若要在Linux集群环境中搭建，过程会有些繁琐，以下是一些安装步骤记录。
安装：
1.确保系统中已安装Python2。
2.下载Lefse软件源码。
3.解压源码包。
4.进入源码目录，运行安装脚本。
5.根据提示完成安装。
说明
Lefse软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在Linux集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。
安装
这个软件是python2写的，因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具，在此基础上来安装lefse。
lefse下载地址：bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。这个网站有丰富的学习内容和教程，包括MetaPhIAn等流程，有时间去好好看看。
lefse放在了bitbucket上，克隆一下到集群：
hg clone bitbucket.org/nsegata/lefse
完成后有如下文件：
目录下有个requirement.txt文件，里面列出了R和Python需要安装的包和模块：
- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse
安装R包的过程基本上没啥问题，大部分还是我已经安装过的。python的大部分模块也没问题，难就难在了rpy2。
首先，我直接用自己安装的python2使用pip安装：
pip intall rpy2
直接报语法错误，如下：
在网上找了一圈也没有碰到同类型的问题，在这里卡了很久，分析脚本貌似也没问题，而且如果这个都语法错误，作者去吃屎吧。后来我才知道这尼玛pip自动安装第三版了，而第三版只支持python3，不再支持python2。
那就直接下载模块安装吧。自然地下了个较新的版本，解压后安装：
python setup.py install
直接报错，说是版本太高了，rpy的第三版已经不支持python2啦，blabla。。。我看它这里rpy2版本也有较高要求，于是下载了个2.9版本的(各旧版本 )，结果还是太高，你特么不是python2写的吗！不支持python2。试了几次，干脆了个2016年发行的，这次终于可以了。
但是肯定没有这么简单，安装过程又报错了：
下载不了这个玩意：Download error on pypi.python.org/simple/singledispatch/。网上有些答案乱七八糟，后来找到了一个能解决问题的，直接下载singledispatch
安装即可。
下载解压进入目录。
python setup.py install
成功安装singledispatch后，再次安装rpy2，这次没报错了。进入lefse目录试运行一下：
应该是可以了。
再进去example中运行下测试shell，但是这个demo是针对bioconda使用的，如果没用conda，测试不了。对于这个软件我真是服气的。
总之，lefse软件算是安装成功了吧，至于测试，后续我再试试。
第二次更新：
接着来测试上次安装好的Lefse软件，这个软件有现成的python脚本进行数据处理和绘图，怎么用的话，在下载后example中和官方文档中都有说明，这里不作说明了。简言之，就是先处理，整理好数据格式，进行绘图。
试着用自己的数据处理了下。
python format_input.py test.txt result.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
python run_lefse.py result.in result.res
python plot_res.py result.res result.png
.......
文件结果没有问题，绘图及其后续步骤报错了：
我怀疑是自己处理的数据格式有问题，于是下载了官网的测试数据：
wget huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129 -O hmp_aerobiosis_small.txt
还是同样的问题，数据处理正常，绘图错误。网上查了下，没有直接相关的问题，但大致猜到是matplotlib的问题。
我的系统除了我装的python外，还有其他好几个python版本的库，我当时只将其他版本的python都注释了，然后将自己安装的python及其库路径加入了环境变量，但没有注释掉其他python版本的库。所以，我自己的python其实是没有安装matplotlib的，用的是其他版本的。
将其他版本python的库注释后，用自己的python重新安装matplotlib（一定要注释掉其他的库，否则会提示已安装，是装不上matplotlib的）。
这时，再运行lefse时，没报错，所有结果都出来了！
看来当系统有多个版本时，用conda确实是有优势的，避免版本冲突。
作者：Bioinfarmer。若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。