[开源] BLAST Interpreter : blast 对比结果解读
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本帖使用社区开源推广,符合推广要求。我申明并遵循社区要求的以下内容:
- 我的帖子已经打上 开源推广 标签: 是
- 我的开源项目完整开源,无未开源部分: 是
- 我的开源项目已链接认可 LINUX DO 社区: 是
- 我帖子内的项目介绍,AI生成、润色内容部分已截图发出: 是
- 以上选择我承诺是永久有效的,接受社区和佬友监督: 是
以下为项目介绍正文内容,AI生成、润色内容已使用截图方式发出
各位佬友晚上好呀!最近在做生信分析的时候,目睹了一件让人哭笑不得的事儿。
组里的一个师妹为了找自己研究基因的同源基因,跑了个 BLAST。众所周知,BLAST 的原始输出格式对新手极不友好,堪称“反人类”。师妹没卡 E-value 和匹配度阈值,直接对着输出文件数了数序列条数,跑去跟导师激动地汇报:“老板,这个基因在 nr 库里有 3 万个同源蛋白!”
结果嘛……自然是被导师一顿疯狂输出。
这件事给了我很大启发:面对海量、生涩的无差别比对结果,生信新手真的很容易抓瞎。既然如此,我为什么不结合 AI 和精心定制的 Prompt,做一个生物信息自动化解读工具呢?
于是,BLAST Interpreter 诞生了!它可以自动解析乱糟糟的 BLAST 原始文件,智能过滤假阳性,直接输出直观漂亮的网页端分析报告。不仅如此,我还接入了大模型,让 AI 直接回答你对这些同源序列最关心的生物学问题(比如物种分布、功能保守性等)。再也不用担心因为“数行数”被老板骂了!欢迎大家来体验~
GitHub - xsx123123/blast_interpreter: blast_interpreter
blast_interpreter
# 使用示例
blast-interpreter ./test/blastx_test.xml -o ./reports --ask "最相关的同源蛋白是哪一个?" --formats html
image2558×1414 466 KB
报告示例
--【壹】--:
后续有时间和精力的话准备将这个项目部署到服务器,大家就可以上传自己的blast 结果在线进行解读。 毕竟安装这个软件还是需要先安装python,这对于仅像解读一下自己报告的湿实验人员来说还是比较麻烦
--【贰】--:
生信福音。
--【叁】--:
感谢大佬。
本帖使用社区开源推广,符合推广要求。我申明并遵循社区要求的以下内容:
- 我的帖子已经打上 开源推广 标签: 是
- 我的开源项目完整开源,无未开源部分: 是
- 我的开源项目已链接认可 LINUX DO 社区: 是
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- 以上选择我承诺是永久有效的,接受社区和佬友监督: 是
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各位佬友晚上好呀!最近在做生信分析的时候,目睹了一件让人哭笑不得的事儿。
组里的一个师妹为了找自己研究基因的同源基因,跑了个 BLAST。众所周知,BLAST 的原始输出格式对新手极不友好,堪称“反人类”。师妹没卡 E-value 和匹配度阈值,直接对着输出文件数了数序列条数,跑去跟导师激动地汇报:“老板,这个基因在 nr 库里有 3 万个同源蛋白!”
结果嘛……自然是被导师一顿疯狂输出。
这件事给了我很大启发:面对海量、生涩的无差别比对结果,生信新手真的很容易抓瞎。既然如此,我为什么不结合 AI 和精心定制的 Prompt,做一个生物信息自动化解读工具呢?
于是,BLAST Interpreter 诞生了!它可以自动解析乱糟糟的 BLAST 原始文件,智能过滤假阳性,直接输出直观漂亮的网页端分析报告。不仅如此,我还接入了大模型,让 AI 直接回答你对这些同源序列最关心的生物学问题(比如物种分布、功能保守性等)。再也不用担心因为“数行数”被老板骂了!欢迎大家来体验~
GitHub - xsx123123/blast_interpreter: blast_interpreter
blast_interpreter
# 使用示例
blast-interpreter ./test/blastx_test.xml -o ./reports --ask "最相关的同源蛋白是哪一个?" --formats html
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报告示例
--【壹】--:
后续有时间和精力的话准备将这个项目部署到服务器,大家就可以上传自己的blast 结果在线进行解读。 毕竟安装这个软件还是需要先安装python,这对于仅像解读一下自己报告的湿实验人员来说还是比较麻烦
--【贰】--:
生信福音。
--【叁】--:
感谢大佬。

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