如何使用Python正确读写INI格式的配置文件？

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生信工程师的日常工作中，除了进行脚本编程、处理文件读写、绘图、统计等常规操作，还会涉及到编写一套完整的pipeline。此时，就需要一个标准的配置文件来保存所需的参数设置。

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生信工程师的日常工作中，除了进行脚本编程，处理文件读写，画图，统计等常规操作，还会涉及到编写一整套完整的pipeline，此时就需要一个标准的配置文件，来保存需要的参数设置。业界常用的标准化的配置文件格式有以下几种

ini

json

xml

yaml

ini作为windows上配置文件的标准格式，更加易于没有编程基础的人来编写和修改，后三种格式则对于程序而言更加友好，处理更加方便。一个ini文件的示例如下

[DEFAULT]
threads = 5
[SAMPLE]
suffix = fastq.gz


[MAPPING]
method = bowtie2
threads = 10
filter = false
mapq = 20
map_ratio = 0.8

每一个中括号和其相关配置称为section, 中括号内的名字则为section的标识符，区分大小写。上述示例中，3大块内容对应3个section。在section下面，以key = value的形式定义了很多的参数，key是不区分大小写的，而且这一行多余的空格也会被忽略掉。