如何用Python实现去除特定长度核酸接头序列的技巧?
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输入:input.txtATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGTATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTCATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTAATT
输入
input.txt
ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT
ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC
ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
编码
file=open("input.txt")output=open("trimmed.txt","w")
fordnainfile:
trimmed_dna=dna[14:]#接头特定长度14
trimmed_length=len(trimmed_dna)-1
output.write(trimmed_dna)
print("processedsequencewithlength"+str(trimmed_length))
输出
trimmed.txt
TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT
ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC
ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
作者:Bioinfarmer
若要及时了解动态信息,请关注同名微信公众号:Bioinfarmer。
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输入
input.txt
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ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
编码
file=open("input.txt")output=open("trimmed.txt","w")
fordnainfile:
trimmed_dna=dna[14:]#接头特定长度14
trimmed_length=len(trimmed_dna)-1
output.write(trimmed_dna)
print("processedsequencewithlength"+str(trimmed_length))
输出
trimmed.txt
TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT
ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC
ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
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