如何使用Python实现核酸序列向氨基酸序列的转换？

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三联体密码表：gencode={'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATT': 'I', 'ATG': 'M', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T', 'AAC': 'N', 'AAT': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGC': 'S', 'AGT': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L', 'CCA': 'P'}

三联密码表

gencode={
'ATA':'I','ATC':'I','ATT':'I','ATG':'M',
'ACA':'T','ACC':'T','ACG':'T','ACT':'T',
'AAC':'N','AAT':'N','AAA':'K','AAG':'K',
'AGC':'S','AGT':'S','AGA':'R','AGG':'R',
'CTA':'L','CTC':'L','CTG':'L','CTT':'L',
'CCA':'P','CCC':'P','CCG':'P','CCT':'P',
'CAC':'H','CAT':'H','CAA':'Q','CAG':'Q',
'CGA':'R','CGC':'R','CGG':'R','CGT':'R',
'GTA':'V','GTC':'V','GTG':'V','GTT':'V',
'GCA':'A','GCC':'A','GCG':'A','GCT':'A',
'GAC':'D','GAT':'D','GAA':'E','GAG':'E',
'GGA':'G','GGC':'G','GGG':'G','GGT':'G',
'TCA':'S','TCC':'S','TCG':'S','TCT':'S',
'TTC':'F','TTT':'F','TTA':'L','TTG':'L',
'TAC':'Y','TAT':'Y','TAA':'_','TAG':'_',
'TGC':'C','TGT':'C','TGA':'_','TGG':'W'}

测试

dna="ATGTTCGGTGATGCTACGTAACGT"

deftranslate(dna):
amino_acid_sequence=""
forstartinrange(0,len(dna)-2,3):
stop=start+3
codon=dna[start:stop]
aa=gencode.get(codon.upper(),'X')#当指定键的值不存在时，返回X
amino_acid_sequence=amino_acid_sequence+aa
return(amino_acid_sequence)

print(translate(dna))

#用assert断言一个表达式，为false时触发异常
#inputsequenceiseasy
assert(translate_dna("ATGTTCGGT"))=="MFG"

#inputsequencehasincompletecodonsattheend
assert(translate_dna("ATCGATCGAT"))=="IDR"

#inputsequencecontainsN
assert(translate_dna("ACGANCGAT"))=="TXD"

结果

MFGDAT_R

作者：Bioinfarmer

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