如何实现基于Python的DNA全局与局部序列比对算法详解？

本文共计4190个文字，预计阅读时间需要17分钟。

程序能实现以下功能：a. 完成gap值的自定义输入及两条需比较序列的输入b. 完成得分矩阵的计算及输出c. 输出序列比对结果d. 使用matplotlib对得分矩阵路径进行绘制

一、实现步骤

1.用户输入步骤

程序能实现什么

a.完成gap值的自定义输入以及两条需比对序列的输入
b.完成得分矩阵的计算及输出
c.输出序列比对结果
d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制

一、实现步骤

1.用户输入步骤

a.输入自定义的gap值
b.输入需要比对的碱基序列1（A,T,C,G）换行表示输入完成
b.输入需要比对的碱基序列2（A,T,C,G）换行表示输入完成

输入（示例）：

2.代码实现步骤

1.获取到用户输入的gap，s以及t
2.调用构建得分矩阵函数，得到得分矩阵以及方向矩阵
3.将得到的得分矩阵及方向矩阵作为参数传到回溯函数中开始回溯得到路径，路径存储使用的是全局变量，存的仍然是方向而不是坐标位置减少存储开销，根据全局变量中存储的方向将比对结果输出。