如何通过Python程序根据外显子位置构建CDS序列？

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已知文件genomic_dna.txt内容如下：TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCT

已知

genomic_dna.txt

TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTAGCTAGTACGATCGCGTAGCTAGCATGCTACGTAGATCGATCGATGCATGCTAGCTAGCTAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCGATGCTACGTAGATCGATCGCTAGTAGATCGATCGCTAGCTAGCTGACTAGTACGCTGCTAGTAGTCAGCTAGATCGATGCTAGTCA

exons.txt

5,58
72,133
190,276
340,398

编码

genomic_dna=open("genomic_dna.txt").read()
exon_locations=open("exons.txt")
output=open("coding_sequence.txt","w")

coding_sequence=""
forlineinexon_locations:
positions=line.split(',')
start=int(positions[0])
stop=int(positions[1])
exon=genomic_dna[start:stop]
coding_sequence=coding_sequence+exon

output.write(coding_sequence)
output.close()

结果

coding_sequence.txt

CGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGACGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCG

作者：Bioinfarmer

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