Ruby on Rails在Gemfile.lock中发现的依赖漏洞，如何避免在GitHub上被标记为安全隐患？

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我收到消息了，GitHub在我的Gemfile.lock中发现了已知的依赖漏洞，包括Ruby（2.0.3）和Nokogiri（1.7.0.1）。这些依赖是我不需要特别要求的，因为它们已经通过其他依赖项在我当前的Gemfile中被实际依赖。