SETTLE约束算法如何实现批量化处理？

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在前一篇文章中，我们介绍了SETTLE算法在分解动力学模拟中的应用。本文通过Jax的Vmap功能扩展了SETTLE函数，使其能够批量计算多个子系统的约束条件。以下是一个示例：

在前一篇文章中介绍了SETTLE约束算法在分子动力学模拟中的应用，本文通过用Jax的Vmap功能对SETTLE函数进行了扩维，使得其可以批量的计算多分子体系的约束条件。这里采用的案例是一个含有16个水分子（48原子）的小体系，从结果中可以看到，在随机移动和批量SETTLE的作用下，所有的水分子都保留了原始的键长和键角，简单理解这个过程就是一个刚体三角形的平移和旋转的过程。 技术背景

在上一篇文章中，我们介绍了在分子动力学模拟中SETTLE约束算法的实现与应用，其中更多的是针对于单个的水分子。但由于相关代码是通过jax这一框架来实现的，因此对于多分子的体系，可以采用jax所支持的vmap来实现，简单快捷。同时为了模块化的编程，本文中的代码相对于上一篇文章做了函数封装，也更符合jax这种函数化编程的风格。